Der Bau von Latrinen ist ein wichtiger Schritt für die nachhaltige Verbesserung der Gesundheit.
Auf dem Land wurde die Notdurft schon immer hinter dem Haus verrichtet. Dort spielen aber auch Kinder und laufen Kleintiere herum, die wiederum in der Küche ein und aus gehen. Falls es Gras gibt, wischt man sich daran die Hände ab. Entsprechend sehen die Gesundheitsstatistiken aus: Die meisten Menschen auf dem Land, annähernd 2/3 der Bevölkerung, leiden unter chronischen Störungen und Erkrankungen des Verdauungsapparats.
Neue Horizonte fördert daher schon seit Jahren den Bau von Latrinen.
Familien erhalten das notwendige Baumaterial und lernen, wie die Latrine gebaut werden muss. Bauen müssen sie ihre Latrine unter fachkundiger Aufsicht selbst. Nur solche Familien erhalten das Baumaterial für Latrinen, die sich tatkräftig am Bau der in der Regel zum Projekt gehörenden Gesundheitsstation beteiligen. Der Besitz einer Latrine bringt freilich wenig, wenn man sie nicht benutzt: Bevor eine Familien das Baumaterial bekommt, muss sie an Kursen teilnehmen, die die Grundsätze der Hygiene und deren Zusammenhang mit der Gesundheit vermitteln. Gleiches wird auch schon in den Grundschulen vermittelt, weil dies die wirksamste Methode ist, alte Gewohnheiten 
zu Gunsten gesünderen Verhaltens aufzugeben. Kinder lernen schnell und tragen ihr Wissen in die Familien. Die Kinder müssen auch lernen, keine Angst vor dem „dunklen Loch“ im Boden zu haben, das ihnen unheimlich ist.
Die Latrinen sind eine bewährte Eigenentwicklung von CODE. Sie bestehen aus einer festen Hütte mit verriegelbarer Tür und Belüftung. Die darunter liegende Grube fasst knapp 1,3 m3 und reicht für 3-5 Jahre; wenn sie voll ist, wird eine neue Grube ausgehoben, das Latrinenhäuschen versetzt und die alte Grube verfüllt.
Neue Horizonte hat bisher den Bau vieler Latrinen finanziert, z.B.
1995 in La Llica und Hunagamarca (107 Latrinen)
2007/8 im Projekt Pango (364 Latrinen)